环境微生物技术研究室起源于上世纪八十年代成立的无锡轻工业学院环境生物技术研究室， 2016年更名为环境微生物技术研究室。研究室以微生物基础和应用基础、工程技术开发为主要任务，致力于利用微生物技术、分子生物学技术、工程和生态学等学科的理论和方法，研究与解决地区性和全国性环境污染问题。主要的研究方向包括：（1）有机固废的资源化与无害化处理处置技术。主要针对城市污泥为典型的有机固废污染，利用微生物技术对其进行资源化和无害化的基础理论与应用技术研究。（2）环境微生物技术在污染控制中的应用。主要利用现代微生物技术手段对环境污染控制与治理技术进行基础理论与新技术开发。
自上世纪八十年代以来，经历几代人的努力，研究室求实、创新、励精图治，形成了“追求卓越、锐意创新”的核心价值观，“严谨求实、团队合作、全方位发展”高素质人才理念以及“专注、卓越”的科研理念，致力成为国内外污泥厌氧发酵和有机固体废弃物，高浓度有机废水处理、处置和资源化利用理论与技术创新的摇篮。研究室拥有较为先进的实验室设施和配套的功能实验室，建立了完善、规范、激励创新的管理制度。近５年研究室成员主持或参与包括国家重大水专项、国家科技支撑课题、国家自然科学基金和部省级科研计划等20余项；近５年在国内外发表学术论文50余篇，公开和授权国家发明专利16项。